Het essentiele verschil tussen clickertraining en andere op beloning gerichte training is dat de hond precies wordt verteld welk gedrag een beloning oplevert. Deze informatie wordt gecommuniceerd met behulp van een uniek geluid, een click, die wordt gegeven op hetzelfde moment dat het gewenste gedrag wordt vertoond. Daarna volgt de beloning.

Hoort de hond gedurende een trainingssessie geen click, dan koppelt hij de beloning niet aan het vertoonde gedrag. Of, de hond associeert de beloning met ander, ongewenst, gedrag. Met de click kan de trainer precies het gewenste gedrag markeren zo dat de hond exact weet wat hij aan het doen was. Om deze reden noemen clickertrainers de clicker een gedragsmarkeerder. De click is ook de verbinding tussen gedrag en de beloning, en wordt daarom het overbruggingssignaal genoemd.