Wanneer een hond met opzet een gedrag laat zien om een gewenste beloning te krijgen, leren ze op een manier die wetenschappers operante conditionering noemen. Honden (en mensen) kunnen een actie, gebeurtenis, persoon of ding met een gevolg als prettig of onprettig ervaren. Hoe meer een bepaalde gebeurtenis of omgeving met een ervaring wordt gekoppeld, hoe sterker de associatie. Dit soort leren wordt klassieke conditionering genoemd en gaat uit van een automatische reactie, in plaats van opzettelijk gedrag.

In eerste instantie maakt clickertraining gebruik van klassieke conditionering, maar al snel wordt het operante conditionering omdat de hond opzettelijk gedrag gaat herhalen om een beloning te verdienen. Training met behulp van operante conditionering resulteert in opzettelijk gedrag, terwijl training met behulp van klassieke conditionering resulteert in gewoonte gedrag.

Het verschil tussen een hond die opzettelijk met een doel, in plaats vanuit gewoonte, gedrag laat zien, is enorm. Honden die met clickertraining of operante conditionering gedrag aanleren proberen steeds nieuw gedrag uit. Zelfs jaren later herinneren ze zich het gedrag nog omdat ze het bewust aangeleerd hebben, in plaats van onbewust. Honden worden zelfbewuster omdat ze de controle hebben over de gevolgen van hun gedrag. Ze zijn enthousiast omdat ze weten dat die gevolgen aangenaam van aard zijn.