Clickertrainers verschillen van traditionele trainers omdat ze wachten tot het gedrag goed door de hond begrepen wordt voordat ze er een commando of cue aanplakken. Een cue is de naam van het gedag, zoals "zit", of een handbeweging of een ander duidelijk signaal. Het heeft geen nut om gedrag een naam te geven voordat de hond weet wat precies de bedoeling is. Gebeurt dit wel, dan heeft deze naam of commando geen enkele betekenis.

Is de hond meerdere malen geclickt voor een bepaald gedrag, en wordt dit gedrag vol zelfvertrouwen uitgevoerd, dan laat de hond zien dat hij precies weet wat hem een click en beloning oplevert. Het is dan tijd om de cue te introduceren, oftewel de naam voor het gedrag te leren.

Om de hond de cue voor het gedrag aan te leren, geeft de trainer het woord of signaal vlak voor de hond het gedrag gaat herhalen. Na enkele herhalingen, geeft de trainer een click en beloning wanneer de hond het gedrag laat zien, maar alleen als de trainer daarom gevraagd heeft met een cue. De hond krijgt geen click als hij het gedrag laat zien zonder dat er eerst een cue is gegeven. De hond leert zo snel naar de cue te luisteren. En een cue verteld de hond als je nu dit gedrag laat zien, dan kun je een click en beloning verdienen.